首先他们两个都是程序流程控制的，跳转指令使CJ、CJP指令开始到指针(P)为止的顺控程序不执行的指令，可以缩短循环时间(运算周期)和执行使用双线圈的程序。子程序是在顺控程序中，对想要共同处理的程序进行调用的指令，可以减少程序的步数，更加有效地设计程序。
跳转指令的梯形图功能和流程控制如下，当指令为ON时，直接跳转指令P的位置，中间的程序被跳过不执行，当指令OFF时才执行CJ与指针P之间的程序。因此合理的利用跳转指令可以减少运算周期时间，我们在指针后和中间的程序中可以使用双线圈不报错，因为两段程序不可能同时顺序执行。

子程序的功能和执行流程如下，当指令输入为ON时执行CALL指令向标记P的步跳转，接着执行标记P的子程序，完成后执行SERT指令返回CALL的下一步程序。比如下图中子程序是从P开始到SRET(子程序返回)指令完成，它与跳转指令的区别就是中间的程序不能被跳过，在执行完子程序后还需要执行CALL下面的程序。

简单来说跳转指令和主控指令类似，ON时执行指针(标记)处的程序中间的程序跳过去，而子程序虽然也跳过去但会返回来再执行中间的程序。